Tháng 8 năm 1991, Basayev tham gia bảo vệ tòa nhà Chính phủ Nga trong cuộc đảo chính nhằm lật đổ Tổng thống Nga Boris Yeltsin. Tháng Mười Một 1991, nhà lãnh đạo quốc gia Chechnya Dzhokhar Dudayev đơn phương tuyên bố độc lập tách khỏi Liên bang Nga. Đáp lại, Yeltsin tuyên bố tình trạng khẩn cấp và cử quân tới biên giới của Chechnya. Ngày 9 tháng 11 năm 1991 để thu hút sự chú ý của quốc tế đến cuộc khủng hoảng, Basayev tổ chức cướp chiếc máy bay Tu-154, trên đường từ Mineralnye Vody ở Nga đến Ankara, và đe dọa cho nổ tung máy bay, trừ khi tình trạng khẩn cấp đã được giải quyết. Vụ không tặc đã được giải quyết một cách hòa bình ở Thổ Nhĩ Kỳ.

Năm 1992, Basayev tới Abkhazia, một vùng ly khai của Georgia, để hỗ trợ các phong trào ly khai địa phương chống lại chính phủ Georgia. Basayev trở thành người chỉ huy trưởng của các lực lượng của Liên đoàn những người vùng núi Kavkaz.

Cũng trong năm 1992, Basayev được đề cử vào chức vụ tổng tư lệnh lực lượng của CPC. Từ tháng 8 năm 1992, Basayev trở thành tư lệnh mặt trận Gagra và Thứ trưởng Quốc phòng Abkhazia (Cộng hòa tự xưng ở Gruzia). Năm 1994 khi nội chiến xảy ra tại Chechnya, Basayev ủng hộ Dzhokhar Dudayev (tổng thống tự xưng của Chechnya).

Ngày 11 Tháng 12 năm 1994, quân Nga xâm chiếm Chechnya để lật đổ chính phủ Dzhokhar Dudayev. Dudayev giao Basayev làm chỉ huy một trong những mặt trận. Basayev đã đóng một vai trò tích cực trong kháng chiến, chỉ huy thành công Tiểu đoàn Abkhaz của ông gây thiệt hại lớn cho lực lượng Nga trong trận Grozny.

Vào thời gian này, Basayev cũng phải chịu một bi kịch cá nhân. Vào ngày 03 tháng 6 năm 1995, trong một cuộc không kích của Nga vào Dyshne-Vedeno, quê hương ông, vợ, con, chị và chú của Basayev đã thiệt mạng, mười hai thành viên khác trong gia đình của Basayev đã bị thương.

Nhằm ngăn chặn bước tiến của quân Nga, ngày 14 tháng 7 năm 1995, Basayev chỉ huy một nhóm phiến quân Chechnya chiếm giữ Bệnh viện Budennovsk tại miền nam Nga bắt giữ 1600 con tin gồm cả bác sĩ, y tá lẫn bệnh nhân. Cuộc giải cứu con tin bằng vũ lực của lực lượng đặc biệt của Nga làm 129 dân thường chết và 415 bị thương.

Năm 1996, Basayev được thăng cấp bậc và giữ chức Tổng tư lệnh của Lực lượng vũ trang Chechnya

Trong tháng 8 năm 1996, ông chỉ huy thành công việc chiếm lại các thủ đô Grozny Chechnya, đánh bại quân Nga đồn trú tại thành phố. Qua trung gian Một thỏa thuận hòa bình đã được ký kết giữa Chechnya và Nga.

Đầu năm 1997 ông được Maskhadov bổ nhiệm làm Phó Thủ tướng Chechnya.

Năm 1999 Basayev bị mất một chân khi trúng mìn ở ngoại ô Grozny (Chechnya).

Tháng 10 năm 2002 Basayev tổ chức cho 50 phiến quân chiếm đóng và bắt cóc 800 con tin tại nhà hát Dubrovka ở Moskva. Cuộc giải cứu của lực lượng Nga đã làm thiệt mạng 129 con tin. Tháng 8 năm 2004 Basayev tổ chức đánh bom cảm tử ở tàu ngoại ô Moskva làm thiệt mạng 10 người và đánh bom cảm tử trên hai chuyến bay rời Moskva làm thiệt mạng 89 người.

Tháng 9 năm 2004 Basayev tổ chức chiếm giữ và bắt con tin ở trường học tại Beslan, Cộng hòa Bắc Ossetia, làm thiệt mạng 331 người trong đó có 186 trẻ em. Tháng 10 năm 2005 Basayev tổ chức tấn công vào Nalchik, miền nam Nga, làm thiệt mạng hàng chục người.